No, la respuesta es NO
El programador de Microchip NO es compatible con el ATMEL, si bien ambos tienen modelos en serie y modelos en paralelo.
También debes cambiar de compilador, si bien podrías llegar a usar el de algún fabricante que haga versioes para los dos y así la interface de trabajo te resulte familiar, pero solo eso, porque todos los nombres de los registros cambian.
En ATMEL resolves lo basico usando estos tres
AVRStudio
WinAVR
PoniProg
Saludos