Muchas gracias Firepic, tu solución funciona perfectamente.
No se me había ocurrido pensar que el I2C manejaba los STREAM como el RS232, pero sí, ahora puedo confirmarlo.
#use i2c(master, sda=EEPROM_SDA, scl=EEPROM_SCL, STREAM=interna)
#use i2c(master, sda=EEPROM2_SDA, scl=EEPROM2_SCL, STREAM=externa)