Hola.
Para manejar tales distancias y con dos hilos se me ocurre transmision serial RS232 o RS485 (esta ultima mejor).
Necesitas: Un microcontrolador (18F442 o 18F452 o 16F877A como lo dijo el amigo FirePic), un programador de micros, los integrados para la interfaz 485, y para el programa del micro un compilador (CCS que es el que mas usan aca en el foro, aunque no es ansiC, pero es bueno, tambien esta el C18 de Microchip o el HiTech, el MikroC, el IAR, y debe haber mas).
Para entender mejor seria bueno un diagrama o algo, yo entiendo que si es un joystick es una palanca y un boton!!!! y (se me ocurre) que con la palanca escojes el rele y con el boton activas o desactivas el rele.
Saludos!!!