Yo hace tiempo estuve haciendo pruebas y no tuve ningún problema. utilizaba una pila del tipo boton para alimentar el pin 3 (VBAT) del DS1307, tenia varios dias desconectada la placa y al volverle a dar tensión, el dia y la hora se habian actualizado correctamente.
Para que os sirva de referencia las librerias que utilice son las que RedPic en su pagina web.
Un saludos,