Juanfe,el gtp usb + si proporciona Vdd,de hecho llkeva un jumper que permite desconectarla,ponerla fija a 5V desde la alimentación del puerto usb o ponerla controlada por el pic del programador a partir del mismo sitio pero conmutada por transistor.
Que yo sepa,desde la perspectiva del soft,no hay diferencias entre programar el micro en zócalo o hacerlo vía ICSP(a excepción de hacer uso de Vpp o Vpp2,cuya coexistencia permite el dar compatibilidad a los diferentes encapsulados),ya que las señales son las mismas, y mientras éstas lleguen al micro y el hard sea el adecuado,el método es el mismo.
Pedro,el hecho de que uses el usb (otro puerto,se supone) no veo por qué ha de plantearte problema,siempre y cuando se tengan en cuenta las cuestiones de la alimentación y no se produzcan colisiones.
Cuando se usa MCLR como E/S,yo colocaría una resistencia entre dicho pin y el periférico que haya conectado,ya que si no se hace puede haber colisiones (Vpp,reset que el programador envía tras la programación,etc...).Y precisamente estos micros que disponen del pin MCLR como posible pin de E/S si o si deben tener la Vdd controlada por el programador,y no fija,ya sea porporcionada por el programador o por la propia aplicación.