En muchas partes del foro se ha discutido esto, pero voy a referirme a una discusion que trata exactamente este tema, pero en otro foro.
Se trata del foro de Sonsivri, alli alguien planteo exactamente el mismo tema, y los resultados del debate son bien interesantes.
Sintetizandolo, porque fue un debate de unos 100 POST, casi todo el mundo concluyo en que MikroC no tiene la falta de estabilidad ni tantos errores de version a version, como tiene el CCS.
Igualmente la mayoria afirmo utilizar el CCS, porque es muy util disponer de la cantidad de librerias que trae y la cantidad adicional que hay en el foro de usuarios de CCS.
Basicamente, creo que es una decision personal, elegir uno u otro, creo que lo mejor es utilizar el compilador de C que a uno mejor le caiga, ambos tienen versiones demo que puedes bajar y probarlos, una vez hagas la eleccion ya puedes adquirirlo.
Espero haber ayudado...
Yo utilizo CCS, igual que muchos en este foro, antes empece con assembler y luego PicBasic Pro...