Qué tal, no creo que llegues a dañar tu tarjeta si solo le conectas el PICkit2, ya que muy probablemente su software te detecte algún problema y te lo indique. Normalmente los problemas de daño a una tarjeta o al puerto USB de la PC se presentan cuando también manejas un voltaje de alimentación externo y hay algún problema en las conexiones.
Pero bueno, para estar seguros hay que revisar los diagramas, lo más sencillo sería que encuentres el esquemático del adaptador, o en su defecto, el de tu tarjeta de desarrollo ¿cuál es la tarjeta de desarrollo que tienes?