Paisano, es normal que no te salgan esas líneas, porque son las que contienen la información que Doxygen utiliza para generar la documentación automática.
Justo encima de ese código que has mostrado, ¿no tienes un link llamado "Ir a la documentación de este archivo."?
Respecto al tema de los acentos, tienes que tener codificación UTF-8 y Latin-1.
Creo que lo mejor será que adaptes un Doxyfile que funcione a tus necesidades. Si quieres prueba con el que yo utilicé en mi proyecto, al que tendrás que cambiar las rutas a los ficheros para que funcione con el tuyo.
Lo dejo adjunto