Que tal Yuhe,
Como lo menciona migsantiago, existen varios lenguajes de programacion para estos microcontroladores y de diferentes fabricantes. Los lenguajes que existen son el ensamblador, el cual puedes bajar gratis de la pagina de atmel. Lo puedes porgramar en Basic, y estan MikroBasic AVR, en Pascal, MikroPascal AVR esto de la casa Mikroelektronika. Te recomiendo el hardware que ellos tienen la verdad esta fabuloso. Sus compiladores todavia dan mucho a que desear pero para comenzar esta bien.
Otro basic es el BASCOM, que creo es el mas conocido y es mucho mas estable ya que tiene un poco mas de tiempo en el mercado. Y sobre todo esta el C, del cual existen varias firmas. Los hay desde gratis hasta algunos que custan algunos miles de dolares americanos.
Yo tambien recien comienzo con los AVR y adquiri hace tiempo la tarjeta de pruebas de mikroelektronica asi como el compilador Mikrobasic para AVR, tengo las versiones demos de otros compiladores, pero me he inclinado por el Basic por su facilidad.
Saludos y espero haber podidi ayudarte.
Elreypic.