La verdad, no se me ocurre ninguna forma, porque si por ejemplo usas algún hw externo, con poner el mismo hw externo asunto solucionado, si usas una memoria, pasará lo mismo, etc.
En tu caso, vendes 'micros grabados' y no vendes el equipo completo, entonces estás indefenso desde ese punto de vista. No lo veo como "piratería", simplemente hay que poner reglas claras y ellos simplemente vuelven a armar un equipo que se rompe por X causa.
Es como si tu cada vez que se te rompe la puerta de tu automóvil, en vez de cambiar solo la puerta debas ir de nuevo a cambiar el vehículo...
En estos casos, de seguro, se le daña el gabinete o algún fusible y el resto debe estar casi seguro todo ok y por eso lo vuelven a reensamblar.
Si tu armaras el producto, podrías protegerlo con resina pero como no es el caso... creo que no hay alguna salida elegante al tema.