Hola:
Veamos, he trabajado ya algun tiempo con Proton y no me ha sucedido lo que comentas, cuando cargas el hex en el programador si no dices que protegeras el codigo, no tiene por que hacerlo, me temo que se deba a alguen problema con el programador para ese caso, lo de la palabra de configuracion para hacerlo desde proton, no te lo sabria decir, ya que nunca lo he hecho.
Ademas cuando cargas el hex no es necesario configurar nada desde el programador sino solo enviar a que programa, nada mas, como te comente, todo lo demas lo hace Proton.