Hermano te veo muy perdido.
Primero, la pata Vref no es una salida, sino una entrada, y es con la que configuras el final de escala de los convertidores analogico digitales.
Segundo, las patas de entrada de captura y comparacion estan, en el 16F877, en las patas 16 y 17, que corresponden tambien al puerto C. No se que lio te montas entre las entradas de CCP y las de AD, ya que no tienen nada que ver. Todas las patas AD se encuentran en el puerto A. Para usar los CCP no te hace falta configurar nada de los AD. Los registros que tienes que tocar son CCP1CON, el registro de configuracion del timer1, y evidentemente el de flags de interrupciones para la comparación.
Repasate el pinout del chip, porque RA4 y RA5 no son salidas CCP, sino entradas AD. RA4 y RA5 son salidas de comparacion analogica, no digital. Las entradas analogicas multiplexadas para ser comparadas van de la RA0 a la RA3.
En el capítulo 12 del datasheet habla sobre el comparador analógico. Repasatelo y si sigues teniendo dudas, postealo aki, ok?
Venga majo, que halla suerte