Hola fastyx, si bien tu pensamiento de que el mosfet cuando cortara hace que la bobina induzca un pulso, este no es negativo si no que es positivo, y de una tension que facilmente puede superar los 1000V por ese motivo es que te e aconsejado que sacases la inductancia que figuraba en tu esquema, bueno, ya comentas que esta funcionando de manera correcta, pero lo puedes mejorar un poco más para evitar problemas futuros y con muy poco gasto y es solo colocando un varistor cerca de los mosfet para que filtre esos picos que ahora seran generados por las bobinas del motor.
Lo que debes hacer es conectar un varistor adecuado cerca de los mosfet y entre los pines de la alimentación (o sea +V y masa), como los varistores se compran de acuerdo a la tensión de funcionemiento el voltaje de este varistor debe ser un 20% mayor al que uses como alimentación, por ejemplo para 50V debes comprar un varistor para 60V, con respecto al tamaño uno de 14mm de diámetro alcanzara para tu proyecto.
Lo que hara el ese varistor es que si se presenta un pico de tension mayor al voltaje para el que esta diseñado lo descarga a masa, de esta manera el +V nunca tendrás un pico mayor que la tensión del varistor, por lo tanto todo lo que tengas alimentado con la linea que proteje ese varistor esta más resguardado de los picos, aparte de la ventaja anterior tambien proteje el resto del circuito de las interferencias generadas por los motores al trabajar el modo swiching.
Un saludo.
Atte. CARLOS.