Hola, desconozco la familia 18F, pero por lo que decis, si medis y hay voltaje presente en un/os pin/s que declaraste como entrada/s, entonces seguramente tenes activadas la "weak pull ups" en esos pines.
Estas weak pull ups son resistencias a positivo, que se utilizan para minimizar circuito electronico externo en ciertos proyectos.
Lo que no se es si, por defecto, ese PIC las trae activadas y en tu caso debas desactivarlas por soft o bien no vengan activadas por defecto y en alguna parte de tu codigo las estes activando sin darte cuenta.
Desde lo lejos y desde la nebulosa del cuasi nulo conocimiento que poseo de esta familia, es la unica idea que se me viene a la mente.
Edito: Nuevas impresiones:
Bueno, aunque sabiendo que para medir una entrada de manera correcta, la misma debe estar flotante, es muy probable que aun sin las weak pull ups activadas, el instrumento de medicion muestre voltaje presente en el pin, ya que un pin flotante esta sometido al medio ambiente, y puede ingresar cualquier tipo de voltaje al mismo.
Otra idea es que a las entradas las tengas configuradas como analogicas en lugar de digitales, aunque dudo de esta opcion.
Exitos.