Hola Funibar,lamentablememnte y no se por que mi PC no me termina de bajar la pagina a la qe haces referencia, pero tratare de explicarte sin verla.
Por lo que pude deducir de tu mensaje, tu estás confundido con 2 cosas distintas. El pin MCLR (master clear) es el pin de reset del micro, por lo que depende de la configuracion de reset que utilices al programarlo es la forma de conexionado que presente este pin, si lo usas sin reset externo, este pin irá directamente conectado al Vdd, pero si lo usas con reset externo o por hardware este pin tendra como mínimo un condensador de 0.1 uF a masa y una resistencia a Vdd, la funcion de estos 2 componentes es la de generar una demora el conectarle la alimentacion y despues de trascurrido esa damora deja de producir el reset del PIC, con lo que te aseguras de que se inicie de la manera adecuada.
El otro uso que as visto es conectando ese condensador entre los pines Vdd y Vss del PIC y lo mas serca posible de ellos, esto es para filtrar la alimentacion y que las interferencia posibles que puedas llegar por este medio no le afecten el funcionemiento normal.
Espero haber aclarado tus dudas, un saludo.
Atte. CARLOS.