Hola Automata78, el para que no se calienten los motores cuando estan estaticos pero alimentados debes usar chopeo o regulacion de intensidad.
Para el chopeo, debes hacer que la misma señal que usas para el control del puente H realice el chopeo, o sea deja de ser una señal de corriente continua para ser una señal de PWM, variandole en ciclo activo de este PWM controlaras que no recaliente el motor.
Para el control de intensidad debes hacer una fuente de corriente constante y la salida de esta fuente es la encargada de alimentar las bobinas del motor, se debe realizar una fuente por bobina para que el control sea efectivo.
Bueno, esto es lo poco que te puedo ayudar con los datos que nos ofreces, si deseas postear el circuito de tu puente H podriamos darte una orientacion mas certera.
Un saludo.
Atte. CARLOS.