Hola, En los Programas de fresado se configura la relación de pasos por unidad de medida que vos tenes en tu maquina, no importa que motor tengas que relación de avance ni nada eso es totalmente configurable.
Supongamos que vos tenes un motor de 200 pasos que es lo mas común y lo usas en modo medio paso, o sea que pasa a tener 400 pasos (o medios pasos en realidad) por vuelta, y como transmisión usas una varilla roscada que tiene 2 mm de paso, o sea que como el motor esta conectado directo a la varilla por cada vuelta del motor tenes un avance de 2 mm, o lo que es lo mismo cada 400 pasos vos avanzas 2 mm.
Ahora en el el programa de cnc debes configurar eso, y lo que te pide son los pasos por unidad de medida, si estas usando mm como unidad fundamental, tenes que indicarle al programa que para ese eje tenes una relación de 200 pasos por milímetro (acordate que con 400 hacías 2mm). Incluso es posible usar valores con con coma en ese parámetro, por ejemplo 198,854163
Como veras eso es totalmente configurable, incluso es independiente a cada eje, por ende podes usar una relación distinta en cada eje.
Por ultimo para redondear esto, cuando en el programa de CNC vos abrís un archivo, supongamos el código G de un PCB (ya obtuviste el código G de eso con algún método) lee que tiene que hacer una línea de 10 mm de largo, bueno simplemente le indica al driver de ese eje que haga 2000 pasos (10 x 200).
Saludos!