Hola Diego, bueno yo te recomendaria :
En una sola base de datos manejes la tabla usuario y Tabla Registro( esta tabla debe contener campos:Fecha, hora de entrada y hora de salida), tal es asi que cuandolosl usuarios registren datos como puede ser su numero de documento, cbale asiganada por el programador, en este caso tu, todo el registro de todo el mes se almacene solamente en esa tabla para lo cual luego facilmente lo puedes exportar a Excel y desde ahi manejarlo mas sutilmente...NO te olvides de colocar en tu formulario de Visual Studio (si asi lo deseas trabjar) un label o textbox onde registre la fecha y hora del sistema que luego guaradaras en la tabla Usuario en el campo Fecha ya mencionado, para que no haya manipulacion de datos de parte del usuario
Ahora bien, tus datos los debes guardar periodicamente cada cierto tiempo, es decir crear un duplicado de tu base de datos que te servira para que realizes tu informe de asistencia,descuentos por tardanza,en fin.....espero te sirva de ayuda, pero es mi punto de vista para poder ayudart y exclarecer de algun u otro modo tu inquietud