Imagino que debe ser por que el MPLAB X esta realizado para XC8 que tiene en su mayoria compatibilidad con cualquier C (define, pragma, entre otros).
CCS tiene directivas de prepocesamiento propias del compilador ( como bit, byte, USE, etc). Es decir es el compilador quien va a decir si esta bien escrito o no y si va a funcionar (al momento de compilar). Pero el MPLAB X es un IDE y es el que te acusa en ese momento que vas escribiendo. Incluso pienso que si lo haces en cualquier IDE que maneje C tendrias el mismo error, por que son directivas unicas de CCS.
Lo que no tengo en cuenta es si existe una forma de agregar directivas al IDE, para que no te las marque, pero no creo que sea posible. Con lo cual lo unico que dbe quedar es desactivarlas.