No sé si te he entendido bien.
En ISIS puedes tener los dos micros y asignarle a cada uno el programa que debe ejecutar. Eso parece que es lo que te funciona bien. ¿Por qué no te gusta este método? No veo, en principio que pierdas nada haciéndolo así.
Cada vez que modifiques el programa y lo compiles desde MPLAB, sólo tienes que actualizar la información en ISIS y no tienes que cerrar ninguno de los dos entornos para hacerlo.
A lo mejor, es que hay algo que me he perdido en tus explicaciones.
Un saludo.