Nunca he sabido porqué a veces pasa eso con Coppercam. Por suerte, di con la solución.
1.- Seleccionas un pad cualquiera donde tenga que ir un taladro: File -> Reference Pad
2.- Cambias la vista a la capa de agujeros: Display -> Layer #5 (drills)
3.- Ajustas el taladro que corresponda al pad que seleccionaste: File -> Adjust on Reference
Te adjunto el fichero .PCB con los taladros alineados