No por que el maestro es quien maneja el clock. El clock es enviado por el maestro y se toma muestras de acuerdo a la entrada en los flancos del clock. El escalvo no tiene posibilidad de manejar el clock, y el SPI es sincrono, entonces se deben tomar los valores respecto del reloj, el maestro toma y envia un dato respecto al reloj suyo. Espero que me entiendas.
Es decir, si vos desconectas completamente el PIC de la flash y pones a VDD el pin de recepcion, cuando "recibas" algo vas a recibir 0xFF,
No tenes NADA para indicarte que eso fallo. No es como una UART que tenes bit de start/stop o un I2C que posee tambien lo mismo y el ACK, en el SPI no tenes bits de "control".
Asi que pueden ser varias cosas.. como dije un error de soft o un error de HW. Lo primero que probaria es que cuando deja de funcionar es ir a ver la salida y entrada del SPI, si tenes un analizador logico seria genial, sino vas a tener que arreglartela con un osciloscopio y disparo unico. Ahi vas a tener que ver que correctamente se este enviando y recibiendo los datos.
Con eso vas a saber si es problema de la flash o del PIC, luego procedes a ver si es problema del PIC o del software
