Debes utilizar el comando: HPWM channel,Dutycycle,Frequency
El cual una vez declarado y definido te envia PWM por hardware de forma continua sin inportar que operación este realizando el micro. Claro los micros que tengan esta caracteristica el que estas
utilizando contiene 2 canales de PWM, la frecuencia dependera del cristal que estes utilizando y te da un minimo y un maximo segun el cristal.