Yo la verdad es que no tengo ni pito de como usar memorias eeprom, pero yo sí que le encuentro logica al asunto.
Veamos, el numero 1000 es un numero de 16 bits , osea 3E8. Pero al parecer las "celdas" de las memorias son de 8 bits, segun observo... (pues FF es 255). Entonces se sobreentiende, que debes de escribir 03 E8 (y no E8 03) , o sea, lo que estas haciendo es, guardar los 8 bits inferiores en una "celda" y los ocho superiores en otra. Luego para manipular los datos, tan solo deberias de coger los datos de las dos celdas, y juntarlos... Espero haberme explicado correctamente.
saludos!