Tienes conectores de paso 2.54mm macho y hembra, practicamente con la altura que quieras, yo cuando les he comprado a los chinos, les he podido pedir altura personalizadas para los conectores. Lo único a tener en cuenta, es que por el grosor de los pines, no puedes conectar señales que suministren mucha corriente o se quemarán, se utilizan sobre todo para transferir señales lógicas.
Yo tengo algún diseño que se compone de 2 placas, una pinchada sobre la otra, también puedes ver el sistema en los shield de los Arduino, Raspberry o las Beaglebone.
PD: ahora que releo tu mensaje, 5-8cm, es una BARBARIDAD, no creo que encuentres ninguna solución conectores macho-hembra con esa longitud, lo máximo que puedes encontrar en 2.54mm son 25-30mm de longitud. Tal vez pinchando varios unos encima de otros, pero va a ser un churro muy inestable, plantéate mejor usar un cable cinta y como separadores, espigones de metal o plástico roscados.
