Igual como dice el compañero ppyote conozco poco se Hitec, pero para ayudarte seria bueno que pusieras el código, además, no es recomendable ejecutar funciones dentro de la rutina de interrupción, lo que usualmente se hace es lo que el compañero comenta y es detectar (incrementar, reiniciar, etc) un flag desde la función de interrupción y ese flag condicionarlo desde el main del programa.