Respecto a conseguir con este ejemplo en particular que se queden quietos los numeritos en los displays, no se puede. Sin embargo recuerdo que en otros proyectos sí que conseguía ver los números sin parpadear, cuestión de jugar con los delay_ms.
Respecto a si PROTEUS es capaz de simular en tiempo real, hay un marcador al final de la pantalla que mide segundos. Haz un reloj que funcione perfectamente, sin retrasos, deja funcionando el PROTEUS durante un largo periodo de tiempo (1h por ejemplo), luego comprueba la hora de tu reloj con el tiempo que ha transcurrido en el "reloj" del PROTEUS: deben coincidir.
Un saludo