No tengo experiencia en fresado de PCB, pero conozco algo de máquinas herramientas en general.
La mesa de vacio solo serviria si no tienes que hacer agujeros, no porque vallas a perder el vacio (porque no se pierde) sino porque al hacer una perforación estarias dañando la mesa.
En caso de poner el filtro-malla no se si logras bien el vacio, porque el filtro deja pasar aire en todas las direcciones, entonces por la sección tambien entraría aire hacia la maquina de vacio y la fuerza de sujeción de la placa se veria reducida notablemente.
Obvio que teniendo una CNC de la mejor tecnologia posible no es necesario ajuste alguno, pero como por lo general las CNC que vemos por aquí son mas bien para uso no profesional creo que la aplicación esta del ajuste automatico es muy valiosa y no muy dificil de implementar.