Hola bienvenido al foro
mira para manejar la maquina necesitas el Mach3 hay otros pero este es como el mas popular y es muy facil de usar, para crear el gcode yo utilizo el Eagle este tiene una ULP llamada pcb gcode esta ULP, teniendo ya el circuito diseñado, te entrega el Gcode para rutear y un gcode para las perforaciones. entre otras te hace un sondeo para determinar las diferencias de alturas o variaciones que pueda tener la placa pcb para que el ruteo quede siempre a la misma profundidad. en san Google hay mucha informacion sobre esto.
mira este video
Espero te sirva de algo esta respuesta
Saludos
Pedropin