Viendo las fotos de tu máquina, salvo que haya errores de maquinado en los barrenos de las guías del puente, no veo como puedes tener errores.
Regresando a tus cuadros, si están perfectamente escuadrados como pienso que lo están, entonces el problema es simplemente el ajuste de la longitud de paso como ya te había mencionado.
Si el problema fuera por desalienamiento mecánico tus cuadros quedarían trapezoidales.
Otra prueba también un poco burda es poner una tira de madera de lado a lado de la mesa de tu máquina sobre el eje X y hacer que el eje Y recorra esta longitud desde el inicio hasta el fin y de regreso. Como herramienta puedes poner una broca al revés para utilizar el zanco como punto de toque. No vas a girarla así que no actives ese motor.
Ajusta la tira de madera a que toque el zanco auxiliándote con una escuadra mecánica para asegurar la perpendicularidad de la tira con el eje X. Luego ejecuta un movimiento del eje Y avanzando hasta el otro lado y luego regresas al punto inicial. Si no hay desalineamientos el zanco deberá haber rozado la tira en toda su longitud y al final no debe haber separación.
Repite la prueba utilizando el otro lado de la tira. El resultado debe ser el mismo.
Una prueba más completa sería hacer el movimiento en forma automática (por un programa). En este caso marca las posiciones inicial y final y repite el ciclo varias veces (con 5 basta). Los puntos inicial y final deben coincidir en cada ciclo.
Suerte y comunica los resultados.
