El compilador maneja la paginación, es una de las ventajas de un compilador, que te evita la tediosa tarea de estar conmutando. Tienes que tener cuidado con arrays grandes si cruzan la página no funcionarán bien. Esto es en cuanto al funcionamiento del protón, en cuanto a simulación con proteus no puedo decirte nada pues no lo uso.
Saludos,
Ricky