A veces ocurre que al abrir el PicKit2 no funciona está deshabilitado y en la tarjeta destella el led de programación, esto es creo yo porque se descofigura el Bootloader del PIC, esto se resuelve muy fácil, con el PicKit conectado vas a la pestaña "programmer del Mplab le das "Download Dos", y ya funciona.
Saludos.