Hola lilalox, interesante proyecto, pues de hecho el amigo RedPic acaba de subir un algoritmo para controlar el ancho de pulso de hasta 8 salidas para el control de servos, pero modificandolo podrías controlar el 100% del ciclo de trabajo, no te va a servir el módulo CCP, ya que este solo es 1 o creo hasta, según el PIC, a propósito, de cuántos por cuántos LEDs quieres hacer tu cubo?.
La forma para llevarlo a cabo es hacer una matriz de nxnxn, donde n=numero de LEDs por dimensión, que si es un cubo, debe ser igual para los 3, luego haces una función que mueva los datos a través del cubo y la vas vaciando en el cubo.
Te comento que este es un proyecto bastante dificil llevarlo a cabo con PWM, ya que necesitas multiplexar los LEDs del cubo, y cuando multiplexas, el PWM se vuelve ineficaz, sobre todo a bajas frecuencias.
Nos podrías dar más detalles de tu idea?