Con esto ya se podría reconocer mi proyecto con linux (teoricamente) no?
Si, pero aclaro, también se reconoce tal y como lo tienes ("custom HID"), te recomendé usar CDC porque sería más rápido/sencillo crear la aplicación puesto que cualquier lenguaje/herramienta que decidas utilizar incluye funciones/clases para comunicarse con puerto serie.
Si si se puede, es posible que con PHP o mysql tomar estos datos?
Si. Lo que te comento sería algo así:
PIC -> CDC -> Aplicación cliente (C#, Python, C++, etc.) -> MySQL -> Aplicación PHP -> Navegador web.
El PIC emula un puerto serie, la aplicación cliente en el servidor se comunica con el PIC para obtener los datos de la temperatura y los guarda en una base de datos MySQL.
Una página PHP extrae los datos de la base de datos y los muestra en el navegador ante una petición del usuario.
Otra forma, es comunicarte directo con el PIC, te puede servir echarle un ojo a este tema:
http://www.todopic.com.ar/foros/index.php?topic=15846.0El detalle aquí, es que necesitarías estar haciendo peticiones constantes al PIC para obtener todos los valores de temperatura, en la anterior estrategia, de esto se encarga la aplicación cliente.