claro, lo que te dice Suky puede ser una causa ya que los motores esos es seguro que te generan ruido, por eso tienes entradas fantasmas en el pic.
Si estas usando un Puente H para manejar el motor, ya que como dices debe tener que invertirse el sentido de giro, lo mejor que puedes hacer es usar alguna aislación galvánica como ser los optoacopladores, CNY74 pueden servirte, de esa forma deberias tener dos fuentes de alimentación, una para control y otra para potencia, aunque seguro debe haber otra solución mas simple.
A parte de eso, el control que haces es tipo on-off con finales de carrera?
Con un par de sensores mas podrías hacer un sistema de arranque suave y detención suave para evitar que el sistema trabaje muy exigido en el momento del arranque y la parada.
Para el arranque lo puedes hacer con el mismo firmware, pero para la parada se me ocurre que puedes poner un sensor unos 50cm antes de la parada y en ese punto le bajas la velocidad para que cuando pare en el proximo sensor que seria el de final no sea tan brusco.
Con respecto al programa, puedes incluirlo en el mensaje mismo usando el boton # y asi quedará mas prolijo.
Si lo incluyen en el mensaje tendras la posibilidad de que todos los miembros del foro lo pueden ver y te aportaran ayuda.
Saludos, Willy