Hi,
Para cada pad que quisieras en una sola capa, tendrías que crear un tipo de componente con una zona redonda de cobre y un taladro en el centro, ya que por defecto los pads Through-hole en Eagle aparecen en las capas que se usen, pero esto te rompría las normas de diseño y te daría posibles errores y quebraderos de cabeza.
El problema en los fabricantes no está en el pad de una de las capas. Cobran por via Through-hole por los desgastes de las brocas de taladrado sobre todo, con lo que no solucionarías nada; al ser Through-hole es un taladro.
Lo más adecuado para ese caso es usar los propios pads Through-hole de los componentes, para aprovecharlos como vías de paso de señales de una capa a otra sin usar vías adicionales.
Esto implica ruteo manual y exprimirse las meninges para optimizar al máximo e intentar reducir el número de vías necesarias.
No obstante, no encarece tanto el precio. En PCBcart un amigo hace placas con más de 100 vías termales en planos de masa para refrigerar componentes y no aprecia un incremento destacable del precio de las placas.
Salu2