Primero que nada, con el programador que estes usando, tú puedes inicializar los valores de la EEPROM al valor que tu deseees.
ASí que puedes configurar un valor de "Fabrica", al programar tu micro.
Segundo, para comparar los registros de la eeprom, primero lees un valor, digamos la posición 0 de la EEPROM, usando para eso los bloques de NIPLE para leer la memoria Eprom, guardas ese dato en un registro temporal, y luego comparas si ese registro es igual al valor 255 (que es lo mismo que FF), si lo es, entonces la memoria no esta programada.
Espero te sirva.
Saludos!
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Mike79