Que tal amigos!
Teddy bienvenido al foro
Con respecto a tu pregunta, si se puede conectar el pic en paralelo con la alimentacion del circuito aunque se recomienda ( segun el data sheet de pickit) que el pickit este primero encendido antes de que alimentes el circuito con una fuente externa, de esta forma el pickit se entera que el circuito posee su propia alimentacion externa.
Tambien debes tomar en cuenta lo que dice QIQE ya que el pickit no puede suministrar mucha corriente al circuito al que este conctado tambien el pic
Con respecto a lo de la integracion del pickit a el CCS te explico como se hace con el pickit2 que yo tengo
me supongo que debe ser casi igual
dale a la pestaña de option luego seleccionas tools
Alli te aparecera una pantalla que dice que le des un nombre - el uso y algun comando de como se debe compilar el programa; una vez hecho esto le das a apply y listo este paso.
Luego en la pestaña de compile le das donde dice program chip y alli seleccionas el pickit3.
Espero que esta guia te pueda servir.
Saludos