Yo uso el Framework MCHPFSUSB y todo esta acomodadito en carpetas, cada uno de los proyectos.
Por ahora no he tenido problemas, parece que es la forma de trabajar con MPLAB.
Cuando hago un nuevo proyecto, copio una carpeta, la renombro y luego modifico lo necesario.
Por ahi he leido que siempre es recomendable habrir cada proyecto desde el archivo Workspace, que es el de mas tamaño.
De esta forma no he tenido problemas.
Saludos,