Como lo haría yo, (aunque creo que puedes manejar el timer interno del micro con impulsos exteriores) con un pic:
Primero debería hacer una base de tiempo de 1 minuto (lo mas exacta posible) por interrupciones del timer (tmr0) interno del micro (interruciones cada 10ms x contador1x100 = 1000ms x contador2x60 = 1 minuto. Otra interrupcion por pin entrada (int0) para incrementar el contador de pulsos del encoder.
Luego seria cuestión que cuando ha pasado un minuto mirar el contador de pulsos a cuanto a llegado y voilá.
Resumen:
Interrupción por TMR0 con contador de 60s (1 minuto) , al llegar a 60s activa una bandera.
Interrupción por INT0 para contar los pulsos del encoder (probablemente deberás usar una variable de 2 bytes porque creo que no te alcanzan con 256) .
Programa principal que solamente esté mirando la bandera que ha transcurrido los 60s y mostrar entonces el valor del contador de pulsos/100 (ya que tu enconder da 100 pulsos por cada rotación), limpiar la bandera para la proxima lectura, limpiar el contador de pulsos y listo
.