Hola, son varios puntos a tener presente puedes hacerlo de forma simultanea, y que el ADC te calcule las dos conversiones y luego lees los buffers, o lo conviertes AN0 lees su buffer y luego AN1 y lees su buffers, primero desarrolla una configuración simulala y si tienes errores o dudas posteala, acá te podemos ayudar con más presición.
saludos;