Que tal, no se que version utilices pero en algunas (las recientes, yo uso la version 8.0 ) hay que hacer esto:
Primero.
Programmer -> Select Programmer -> PICSTART Plus (el programador que vas a utilizar)
Luego.
Programmer -> Enable Programmer
Despues.
Para verificar si tu PIC esta en blanco en el mismo menu (Programmer) selecciona "Blank Check All"
Para borrar el Pic, seleccionas "Erase Flash Device"
Finalmente para programar el pic seleccionas "Program"
Todas las acciones del programador se ven en la ventana Output en la pestaña PICSTART, si no se ve esa ventana la activas en View->Output
Yo solo he hecho esto con el proyecto que esta activo, es decir, carga el .hex de manera automatica, no lo he hecho de otra manera con un PICSTART en puerto serie, no debe haber una gran diferencia con el tuyo si dices que si te lo detecta. Saludos.