Dependiendo del tipo de micro atmel que quieras, tendras unos registros y unas instrucciones. Una vez sepas el modelo que vas a usar,
Atmel tiene todos los documentos que necesitas.
Y si hay algo que no entiendas,
Subforo de Atmel y seguro que te ayudan con mucha amabilidad.
PD: A lo mejor no tenias todo el tiempo del mundo pero estaria bien dedicar algo mas de tiempo a la escritura del post.