Bien, iremos por partes, el condensador lo conectas entre VCC y GND lo más cerca posible del AD595, lo siguiente es que enganches la salida del AD595 directamente a un miltímetro, así podrás saber si el error está en el programa o en el acondicionador. A mí me pasó parecido, pero como el multímetro suele estar bien si allí se comporta sin variaciones rápidas de la salida, entonces hay algo que falla en el PIC.
Por ejemplo para temperatura ambiente debes tener una salida entre 200 y 350mV dependiendo de la temperatura que haya en el lugar de trabajo, este circuitoe es bastante preciso, tanto que por ejemplo con una temperatura de 28.5 grados, tengo una salida de 280.500mV en el multímetro, si toco la punta del termopar o simplemente soplo sobre él, el multímetro puede comenzar a leer esa temperatura en uno o dos segundos máximo, hasta alcanzar digamos la temperatura de mi dedo, o si lo pongo en más cerca del cuerpo, por ejemplo bajo la axila, la temperatura de esa parte del cuerpo.
Claro, si metes el termopar dentro de la llama de una hornilla, puedes llegar a medir 750 grados en la parte exterior y unos 500, en el centro de la llama, es increíble la precisión de los termopares y del sensor. Prueba primero de forma independiente y luego conecta todo al PIC.
Una vez que conectes el circuito al PIC, haces un montón de lecturas de tu ADC (200 está bien) y las promedias para dar un resultado final. respecto de la conexión tienes razón, si al calentar te baja el valor de salida, entonces debes conectarlo en el otro sentido. Si tu termopar tiene bien identificados los alambres que lo conforman, entonces conectalos como dice el datasheet, y no debe haber problemas, en mi caso no tenía bien identificados los alambres así que tuve que hacer prueba y error. vas por buen camino
saludos
Reinier
PD: Si aún así no funciona trata con el circuito de prueba que viene en el datasheet, el que no utiliza termopares, a ver si el AD595 está funcionando bien.
