Hola
Tu mismo das en palabras la respuesta a tu problema. Usa una variable para que el procesador sepa si debe o no hacer si trabajo, me explico, si esa variable es 0, no ha nada y se queda esperando hasta que sea 1, y lo interesante esta en que cada segundo pasa a w
1.
Despues que detectas esa variable en 1, haces lo que debes y al finalizar la pasas a 0.