hola chapin
es muy posible que tu problema esté en el programa y no en el proteus. a diferencia del 16f84, el 12f629 dispone de 1 comparador que has de 'deshabilitar' si quieres usar sus pines como e/s digitales.
y también es posible configurarlo para ser usado con oscilador interno, cosa que tampoco sucede con el 16f84. te diría que probaras a realizar un sencillo programa -que encienda un simple led por ejemplo- teniendo en cuenta ambas cosas y debería funcionar.
si continuas teniendo problemas o dudas, sube el listado del programa y podremos decirte algo más concreto.
un saludo