La verdad es que el IDE del CCS es algo 'raro', yo me quedo con el del Visual Studio! Aunque ayer leí por algún lado que integraban Mplab en un entorno open source llamado Eclipse, que va de lujo y es compatible con Windows/Linux/Mac.... no me paré demasiado (ya que no encontraba) la forma de seleccionar el compilador con el que compilar, pero... ahí está por si queréis darle un ojo.
Respecto al problemilla de la ventana output, tampoco yo se quitarla, aunque con un pequeño truco no toca tanto la moral. Le das a 'view' y desmarcas la opción 'dock editor window'... con eso aunque compiles, la ventana del editor siempre permanecerá 'on top' y se hace más liviano XD
ciaoo!!