hazlo al revés, deshabilita la interrupción y punto, luego haces el chequeo, pero con una condición que te diga si debes volver a habilitarla, ahora con toda seguridad podrás completar la ejecución del código de la expresión lógica, si esta devuelve verdadera, entonces simplemente habilitas las interrupciones y listo, sino ejecutas el código que no debe ser interrumpido y al final, al igual que ahora, vuelves a habilitar las interrupciones.
Saludos,
Reinier