Es que si te fijas el diagrama/registros del TMR0 en el datasheet vas a notar que no hay ningun bit para desabilitar la cuenta. El TMR1 y 2 si poseen un bit en sus respectivos registros TxCON, llamado TMRxON, habilitando la cuenta o no. Mientras que en el timer0 no.
El timer 1 tiene un preescaler de maximo 8 y el TMR2 tenes un prescaler de 16 y un post scaler de 16.
Con lo cual si queres manejar cuando cuenta y cuando no, usas otro timer, y si no la otra es cuando llegue a tu punto de interes, cargarle el valor al tmr0 (ej ponerlo en 0, creo que con set_timer0(0x00); )