Hola.
Solo es posible grabar de a 1 byte. No es posible acceder directamente a la grabacion o lectura de un bit en particular.
Te recomiendo:
Al iniciar el programa, lee el byte completo. Almacenalo en una variable.
Cuando necesites modificar por ejemplo el L1, entonces modifica el bit 0 de tu variable, e inmediatamente(si fuese necesario) enviá a grabar esa variable en EEPROM.
Es mucho mas simple y rapido hacer lo que dije en lugar de estar siempre leyendo el byte entero de la EEPROM, luego modificar el bit correspondiente y recien ahi volver a grabar el byte completo nuevamente en la EEPROM.
Suerte.